地下水源热泵体系的热源是从水井或抛弃的矿井中抽取的地下水。经过换热的地下水能够排入地表水体系，但对于较大的使用项目一般要求经过回灌井把地下水回灌到本来的地下水层。

最近几年地下水源热泵体系在中国得到了迅速发展。可是，使用这种地下水热泵体系也受到许多约束。

首要，这种体系需求有丰厚和安稳的地下水资本作为先决条件。因此在决议选用地下水热泵体系之前，一定要做具体的水文地质查询，并先打勘测井，以获取地下温度、地下水深度、水质和出水量等数据。地下水热泵体系的经济性与地下水层的深度有很大的联系。假如地下水位较低，不仅成井的费用添加，运转中水泵的耗电将大大下降体系的功率。

此外，尽管理论上抽取的地下水将回灌到地下水层，但目前国内地下水回灌技能还不成熟，在许多地质条件下回灌的速度大大低于抽水的速度，从地下抽出来的水经过换热器后很难再被悉数回灌到含水层内，形成地下水资本的丢失。

此外，即便能够把抽取的地下水悉数回灌，如何确保地下水层不受污染也是一个扎手的课题。水资本是当时最紧缺、最名贵的资本，任何对水资本的糟蹋或污染都是肯定不行答应的。国外由于对环保和使用地下水的规则和立法越来越严格，地下水热泵的使用已逐渐削减。